Historia klasztoru
Pierwsza placówka Zakonu Braci Mniejszych Ściślejszej Obserwancji (popularnie nazywanych Reformatami) znajdowała się na przedmieściu Garbary, w pobliżu murów obronnych Krakowa, u wylotu dzisiejszej ul. Kapucyńskiej. Zakonnicy osiedlili się tam w roku 1625 na placu, który dla nich nabyła Krystyna ze Zborowskich Grochowska. Królowie Zygmunt III, a następnie Władysław IV wydali dyplomy zatwierdzające fundację klasztoru i kościoła pw. Św. Kazimierza, królewicza. Dnia 14 maja 1628 r. ks. Erazm Kretkowski, kanonik krakowski, poświęcił kamień węgielny pod budowę nowej świątyni. W roku 1640 kościół całkowicie ukończono. Równocześnie z kościołem wznoszono klasztor, w którym od samego początki mieściła się infirmeria, biblioteka i dom studiów dla kleryków. W roku 1655 hetman Stefan Czarniecki, dowódca wojsk polskich, przygotowując Kraków do obrony na czas przez oblężenia Szwedów, nakazał spalić przedmieścia Krakowa, także Garbary. Wówczas spłonął kościół i klasztor św. Kazimierza. Po zakończeniu działań wojennych zakonnicy podjęli starania o nową fundację, tym razem w obrębie murów miejskich. Magistrat krakowski nie był skłonny do wyrażenia zgody, uzasadniając swoje stanowisko ciasnotą zabudowań w mieście oraz liczbą istniejących już od dawna kościołów i klasztorów. Zakonnicy mieli jednak za sobą poparcie króla Jana Kazimierza, do którego skutecznie odwoływali się o zmianę decyzji rady miejskiej. Nowy kościół i klasztor powstał w latach 1666-1672, na placu ofiarowanym przez kasztelana krakowskiego Stanisława Warszyckiego. Dnia 31 października 1666 r. bp Mikołaj Oborski, sufragan krakowski, położył kamień węgielny pod budowę świątyni, a 16 października 1672 r. dokonał jej konsekracji. Głównym fundatorem kościoła był Franciszek Szembek, kasztelan kamieniecki. W późniejszych latach zakonnicy uzyskali część placu położonego naprzeciw klasztoru, na którym zbudowano czternaście kapliczek drogi krzyżowej. W 1901 r. po prawej stronie nawy dobudowano kaplicę dla słynącego łaskami (m. in. ustanie zarazy w Krakowie w 1707 r.) obrazu Pana Jezusa Miłosiernego. Kościół wzniesiony razem z klasztorem, powtarzał typowy model świątyni reformackiej, jednonawowej, bezwieżowej, z węższym i niższym prezbiterium. Zabudowania klasztorne (przebudowane i podwyższone o jedno piętro w XVIII i XX wieku), tworzą tradycyjny czworobok, założony wokół wewnętrznego wirydarza ze studnią pośrodku. W głównym ołtarzu znajduje się Krucyfiks rzeźbiony, pochodzący z połowy XVII w.Ołtarze boczne wykonano w latach 1745-57. Najstarszymi z zachowanych obrazów (jeszcze z pierwszego kościoła) są: obraz Pana Jezusa Miłosiernego w kaplicy i obraz Matki Bożej Łaskawej w ołtarzu bocznym. Najwyżej pod względem artystycznym oceniany jest obraz św. Kazimierza, z ok 1670r. Cennym zabytkiem jest również rzeźbiona w kości słoniowej figurka Matki Bożej z Dzieciątkiem z ok. 1370 r. W kościele rozwijany jest kult Pana Jezusa Miłosiernego, św. Antoniego z Padwy i patrona kościoła św. Kazimierza, królewicza. Dekretem z dnia 16 listopada 2001 r. ks. Kard. Franciszek Macharski kościół przy ul. Reformackiej ustanowił Sanktuarium Św. Kazimierza, królewicza, powierzając tutaj „szerzenie kultu Świętego Kazimierza w łączności z Katedrą na Wawelu, bardzo mocno związaną z osobą Świętego”. Bracia kapłani oprócz duszpasterstwa prowadzonego przy Sanktuarium, posługują także jako spowiednicy i kapelani sióstr zakonnych, spieszą też z pomocą duszpasterską w niektórych parafiach. W podziemiach pod kościołem znajdują się krypty, gdzie chowano (1672-1870) zmarłych (ok. 1000 osób, z tego 230 zakonników). Do dziś, dzięki specyficznemu mikroklimatowi, zachowało się 50 trumien ze zmumifikowanymi zwłokami. W roku 1985 ukończono budowę pomieszczeń na bibliotekę i archiwum Prowincji, adaptując na ten cel budynki gospodarcze w podwórzu. Od roku 1990 prowadzone są w sposób systematyczny prace remontowe i konserwatorskie kościoła i klasztoru. Klasztor św. Kazimierza w Krakowie jest Domem Głównym Prowincji Matki Bożej Anielskiej Zakonu Braci Mniejszych. Swoją siedzibę posiada w nim Kuria Prowincjalna oraz Archiwum i Biblioteka Główna Prowincji. Mieści się tu również Komisariat Ziemi Świętej, którego zadaniem jest propagowanie Ziemskiej Ojczyzny Jezusa Chrystusa poprzez publikacje m.in. czasopisma „Ziemia Święta” i organizowanie pielgrzymek do miejsc uświęconych życiem Pana Jezusa Chrystusa. W Sali Tercjarskiej przy kościele gromadzą się na spotkania i prelekcje członkowie różnych stowarzyszeń i ruchów kościelnych.